La compatibilidad HLA (del inglés Human leukocyte antigen, que significa “Antígenos Leucocitarios Humanos”) es la compatibilidad existente entre el donante de las células madre para un trasplante y su receptor.

En cuanto al sistema HLA del organismo humano, tiene la función de defender al organismo de algunos agentes extraños que generan infecciones.

Es por ello que es importante que haya compatibilidad entre el donante de las células madre y el paciente que las reciba. Por lo tanto, de no lograr la compatibilidad HLA deseada entre aquellos, el sistema  HLA del paciente rechazará el trasplante, al considerar el trasplante  como algo ajeno que está atacando al organismo (lo que produciría la Enfermedad Injerto contra Huésped).